微生物多樣性分析？3、代謝產物的多樣性。可分為初級代謝產物和次級代謝產物。初級代謝產物是指微生物通過代謝活動所產生的、自身生長和繁殖所必需的物質，次級代謝產物是指微生物生長到一定階段才產生的化學結構十分復雜、那么，微生物多樣性分析？一起來了解一下吧。
前面介紹了微生物多樣性如何整合數據并進行了基礎可視化分析，現在讓我們開始進行更加深入的相關性分析和差異分析（相關性熱圖，RDA，CCA，Lefse）
一般我們主要繪制屬水平物種與理化因子的相關性熱圖
依然信譽使用我們轉化為 phyloseq 的對象的數據集，首先讓我們導出屬水平物種組成表：
導出數據之后我們要對屬水平物種組成表進行過濾，把豐度占比低于1%的歸入others類
讓行坦鏈我們自定義一個函數對其進行過濾
經過上面的步驟我們完成了對數據的過濾，接下來讓我們用屬水平的物種組成表結合理化因子數據繪制檔孫相關性熱圖：
經過上面兩步我們完成了相關性熱圖的分析及可視化，接下來進行RDA，CCA的分析
?一、α多樣性指數分析內容及意義
a) 群落生態學中研究微生物多樣性，通過單樣品的多樣性分析（α[Alpha]多樣性）可以反映微生物群落的豐度和多樣性，包括一系列統計學分析指數估計環境群落的物虧空種豐度和多樣性。
b) α多樣性指分析主要包括：
①菌群豐度（Community richness）指數計算：Chao、Ace指租空攔數；
②菌群多樣性（Community diversity）指數計算：Shannon、Simpson指數。
——獲弊胡得指數計算匯總表格。
稀釋性曲線（Rarefraction Curve）；Shannon-Wiener曲線；Rank-Abundance曲線；Specaccum曲線
二、α多樣性分析在科技論文中的描述
a) 稀釋性曲線和Shannon-Wiener曲線結合使用：
例如1：Shannon and Rarefaction analysis showed that, although new phylotypes can be obtained by additional sequencing, most of the gut microbial diversity in each sample was captured with the current sequencing depth. After rarefying the sequencing depth among all the samples using bootstrap (XX,XXX reads per sample), Shannon diversity index and rarefaction OTU estimates were calculated. There was no significant difference in the richness (as indicated by rarefaction OTU estimates) and diversity between Group A and Group B in this study.
如有顯著差異：while Group B significantly reduced both the richness and diversity of the microbiota(P<0.05 OR Show in fig.)。
生物多樣性biodiversity是指一定范圍內多種多樣活的有機體(動物、植物、微生物)
有規律地結合所構成穩定的生態綜合抄體。
這種多樣襲包括輪敗拆動物、植物、微生物的物種多樣性，物種的遺傳與臘棗變異的多樣性及生態的多樣性。枯御其中，物種的多樣性是生物多樣性的關鍵，它既體現了生物之間及環境之間的復雜關系，又體現了生物資源的豐富性。微生物多樣性是指微生物的生命形式的多樣性，包括生理代謝zd類型、代謝產物、遺傳基因及生態類型的多樣性。
微生物群落測序是指對微生物群體進行高通量測序，通過分析測序序列的構成分析特定環境中微生物群體的構成情況或基因的組成以及功能。借助不同環境下微生物群落的構成差異分析我們可以分析微生物與環境因素或宿主伍純之間的關系，尋找標志性菌群或特定功能的基因。對微生物群落進行測序包括兩類，一類是通過16s rDNA，18s rDNA，ITS區域進行擴增測序分析微生物的群體構成和多樣性；還有一類是宏基因組測序，是不經過分離培養微生物，而對所有微生物DNA進行測序，從而分析微生物群落構成，基因構成，挖掘有應用價值的基因資源。
以16s rDNA擴增進行測序分析主要用于微生物群落多樣性和構成的分析，目前的生物信息學分析也可以基于16s rDNA的測序對微生物群落的基因構成和代謝途徑進行預測分析，大大拓展了我們對于環境微生物的微生態認知。
目前我們根據16s的測序數據可以將微生物群落分類到種（species）（一般只能對部分菌進行種的鑒定），甚至對亞種級別進行分析，
幾個概念：
16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA 基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因，長度約為1542bp，其分子大小適中，突變率小，是細菌分類學研究中最常用和最有用的標志。
微生物群落的種群多樣性一直是微生物生態學和環境學科研究的重點。近幾年來，微生物群落結構成為研究的熱點。首先，群落結構決定了生態功能的特性和強弱。其次，群落結構的高穩定性是實現生態功能的重要爛物因素。再次，群落結構變化是標記環境變化的重要方面。因此，通過對目標環境微生物群落的種群結構和多樣性進行解析并研究其動態變化，可以為優化群落結構、調節群落功能和發現新的重要微生物功能類群提供可靠的依據。
從年代上來看，微生物群落結構和多樣性解析技術的發展可以分為三個階段。20世紀70年代以前主要依賴傳統的培養分離方法，依靠形態學、培養特征、生理生化特性的比較進行分類鑒定和計數，對環境微生物群落結構及多樣性的認識是不全面和有選擇性的，方法的分辨水平低。在70和80年代，研究人員通過對微生物化學成分的分析總結出了一些規律性的結論，從而建立了一些微生物分類和定量的方法即生物標記物方法，對環境微生物群落結構及多樣性的認識進入到較客觀的層次上。在80和90年代，現代分子生物學技術以DNA為目標物，通過rRNA基因測序技術和基因指紋圖譜等方法，比較精確地揭示了微生物饑悄液種類和遺傳的多樣性，并給出了關于群落結構的直觀信息。
以上就是微生物多樣性分析的全部內容，在70和80年代,研究人員通過對微生物化學成分的分析總結出了一些規律性的結論,從而建立了一些微生物分類和定量的方法即生物標記物方法,對環境微生物群落結構及多樣性的認識進入到較客觀的層次上。
